DEA adalah linear programming yang berbasis pada pengukuran tingkat performance suatu efisiensi dari suatu organisasi dengan menggunakan Decision Making Unit (DMU). Istilah DMU dalam DEA dapat berupa bermacam-macam unit seperti bank, rumah sakit, unit dari pabrik, departemen, universitas, sekolah, pembangkit listik, kantor polisi, kantor samsat, kantor pajak, penjara, dan apa saja yang memiliki kesamaan karakteristik operasional. Terdapat dua faktor yang mempengaruhi dalam pemilihan DMU, yaitu: DMU harus merupakan unit-unit yang homogen. Unit-unit tersebut melakukan tugas (task) yang sama, dan memiliki obyektif yang sama. Input dan output yang mencirikan kinerja dari DMU harus identik, kecuali berbeda hanya intensitas dan jumlah/ukurannya (magnitude).

Hubungan antara jumlah DMU terhadap jumlah input dan output kadangkala ditentukan berdasarkan “rule of thumb”, yaitu jumlah DMU diharapkan lebih banyak dibandingkan jumlah input dan output dan ukuran sampel seharusnya dua atau tiga kali lebih banyak dibandingkan dengan jumlah keseluruhan input dan output.

Pertimbangan dalam pemilihan sampel DMU adalah jumlah dari DMU itu sendiri. Untuk dapat membedakan secara selektif DMU yang efisien dan inefisien maka diperlukan jumlah DMU yang lebih besar dari perkalian jumlah input dan jumlah output. Jumlah DMU sekurang-kurangnya tiga kali lebih besar dari total jumlah variabel input dan output. Namun pada beberapa penelitian lain mengenai DEA terdapat pula penggunaan sampel DMU yang lebih kecil.